Les îles de Loire sont constituées de dépôts alluvionnaires composés de sables et de graviers. Elles reposent sur une roche mère calcaire.

La Loire a créé une grande diversité d'habitats naturels étroitement imbriqués qui forment une véritable mosaïque (forêt alluviale, annexe fluviale, roselières, îles, plages et gravières…).

L'instabilité du régime hydraulique de la Loire, sa puissance érosive et les matériaux qu'elle dépose, qui permettent au milieu naturel de se rajeunir régulièrement, sont à l'origine d'une biodiversité exceptionnelle. De plus, les nombreuses résurgences situées sur le pourtour de l'île de Saint-Pryvé et au pied du coteau de La Chapelle-Saint-Mesmin apportent eau claire et fraîcheur.